Botanika instituti 1940-yilda tashkil topgan va oʼsimliklar xilma-xilligini oʼrganish va saqlab qolish sohasida Oʼzbekistonda yetakchi ilmiy-tadqiqot muassasa hisoblanadi. Oʼzbekiston florasi, oʼsimliklar qoplami va oʼsimliklar sistemakasi Institutning ilk yo‘nalishlaridan hisoblanadi. Oʼtgan asrning 60-yillarida morfologiya va anatomiya, mikologiya va algologiya, oʼsimliklar fiziologiyasini oʼrganish va oʼsimlik resurslarini aniqlash boʼyicha yangi laboratoriyalar tashkil etildi. 1998-yilda Fanlar akademiyasi Botanika bogʼi bilan birlashtirilgan. 2001-yilda Botanika instituti va Botanika bogʼi qoshida “Botanika” ilmiy ishlab chiqarish markazi tashkil qilindi.
