Zoologiya instituti 1950 yilda tashkil etilgan.
O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 2012 yil 7 fevraldagi "O‘zbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasining ilmiy muassasalari tarkibini yanada optimallashtirish va faoliyatini takomillashtirish to‘g‘risida"" gi 33-sonli qaroriga asosan institut qayta tashkil qilindi va NPT bilan jihozlandi "
O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 2017 yil 4 sentabrdagi "O‘zbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasining Botanika instituti va Zoologiya instituti faoliyatini tashkil etish to‘g‘risida" gi PQ-3256-sonli farmoni asosida. . Zoologiya instituti Fanlar akademiyasining mustaqil tuzilishi va tizimi sifatida yaratilgan.
