1959 yilda Qoraqalpog'iston birlashgan ilmiy-tadqiqot instituti negizida O'zbekiston Fanlar akademiyasining Qoraqalpog'iston bo'limi tashkil etildi. Nukus shahrida O'zbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasining filialining ochilishi respublikada fundamental ilmiy tadqiqotlarni muvofiqlashtirishga imkon berdi. Tadqiqot mavzulari milliy iqtisodiyot tarmoqlarining deyarli butun spektrini qamrab oldi. Qoraqalpog'iston tarixi, qoraqalpoq tili va adabiyoti bo'yicha akademik nashrlar nashr etildi va "Qoraqalpoq folklori" ning 20 jildlik nashri nashr etildi. Tarix, til va adabiyot institutida xalqning bebaho ma'naviy qadriyatlari bo'lgan yozma yodgorliklarni yig'ish va ilmiy muomalaga kiritish ishlari boshlandi.
