1959 yilda Qoraqalpog'iston birlashgan ilmiy -tadqiqot instituti negizida O'zbekiston Fanlar akademiyasining Qoraqalpog'iston bo'limi tashkil etildi. Nukus shahrida O'zbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasi filialining ochilishi respublikadagi fundamental ilmiy tadqiqotlarni muvofiqlashtirish imkonini berdi. Tadqiqot mavzulari milliy iqtisodiyot tarmoqlarining deyarli butun spektrini qamrab oldi. Qoraqalpog'iston tarixi, qoraqalpoq tili va adabiyoti bo'yicha ilmiy nashrlar, 20 jildli "qoraqalpoq folklori" nashri chop etildi. Tarix, til va adabiyot institutida xalqning bebaho ma'naviy boyligi bo'lgan yozma yodgorliklarni to'plash va ilmiy muomalaga kiritish ishlari boshlandi.
