Вазирликнинг асосий вазифалари қуйидагилардан иборат:
1) сув ресурсларини бошқариш соҳасида ягона сиёсатни амалга ошириш, шунингдек, сув ресурсларидан оқилона фойдаланиш ва уларни муҳофаза қилиш, сувларнинг зарарли таъсирини олдини олиш ва тугатиш соҳасида давлат органлари, хўжалик бошқаруви органлари ва бошқа ташкилотлар фаолиятини мувофиқлаштириш;
2) ҳудудларни ва иқтисодиёт тармоқларини сув ресурслари билан барқарор ва оқилона таъминлаш, ерларнинг мелиоратив ҳолатини яхшилаш ва барқарорлигини таъминлаш чораларини кўриш;
3) ирригация ва мелиорация тизимлари, сув омборлари, насос станциялари ва бошқа сув хўжалиги ва гидротехника иншоотларининг ишончли ишлашини таъминлаш, йирик ва алоҳида муҳим сув хўжалиги объектларини муҳофаза қилишни ташкил этиш;
4) сувдан фойдаланувчилар ва сув истеъмолчиларининг сув ресурсларидан эҳтиётлаб ва оқилона фойдаланиш учун жавобгарлигини кучайтириш, сувдан фойдаланиш маданияти даражасини ошириш;
5) сув хўжалиги соҳасига илм-фан ютуқларини, сувни тежовчи замонавий технологиялар ва илғор тажрибаларни, сув хўжалиги ва сувдан фойдаланиш тизимини бошқаришнинг инновацион усулларини жорий қилиш;
6) сув хўжалиги соҳасидаги мутахассисларнинг малакасини ошириш тизимини ташкил этиш, сув хўжалиги ташкилотлари билан таълим ва илмий муассасалар ўртасидаги интеграцияни мустаҳкамлаш, илм-фан ютуқларини амалиётга жорий этиш чораларни кўриш;
7) трансчегаравий сув ресурсларини бошқариш ва улардан фойдаланиш бўйича давлатлараро муносабатларни ривожлантириш, чет эл инвестициялари ва техник кўмак маблағлари (грантлар)ни жалб қилиш, шунингдек, сув хўжалиги соҳасидаги халқаро ташкилотларнинг фаолиятида фаол иштирок этиш.
2. Вазирлик ўзига юкланган вазифаларга мувофиқ қуйидаги функцияларни амалга оширади:
а) сув ресурсларини бошқариш бўйича ягона сиёсатни амалга ошириш, шунингдек, сув ресурсларидан оқилона фойдаланиш ва уларни муҳофаза қилиш, сувларнинг зарарли таъсирини олдини олиш ва тугатиш соҳасида давлат органлари, хўжалик бошқаруви органлари ва бошқа ташкилотлар фаолиятини мувофиқлаштириш соҳасида:
сув хўжалиги ва ирригацияни ривожлантириш, суғориладиган ерларнинг мелиоратив ҳолатини яхшилаш бўйича тармоқ ва минтақавий дастурларни ишлаб чиқади;
глобал иқлим ўзгариши ва Орол денгизи қуришининг аҳоли ҳаёти ва фаолияти ривожланишига салбий таъсирини камайтириш бўйича комплекс чора-тадбирларни ишлаб чиқишда иштирок этади;
сув ресурсларидан фойдаланишни ҳисобга олиш ва давлат сув кадастрини юритишни ташкил қилади;
сувдан фойдаланувчилар ва сув истеъмолчилари, шунингдек, иқтисодиётнинг барча тармоқларида (коммунал соҳадан ташқари) сув ресурсларидан фойдаланиш бўйича маълумотлар базасини яратади;
сув истеъмолчилари уюшмалари ва бошқа бирлашмаларини тузиш ва уларни ривожлантиришда, шунингдек, улар хизмат кўрсатадиган зонада сув ресурсларини бошқариш ва ҳисобга олишда услубий ва амалий ёрдам кўрсатади;
сувдан фойдаланувчилар ва сув истеъмолчилари ўртасида ўзаро иқтисодий муносабатларни такомиллаштириш бўйича чора-тадбирлар комплексини ишлаб чиқиш ва амалга оширишда иштирок этади;
тегишли давлат бошқаруви органлари ва жойлардаги давлат ҳокимияти органлари билан биргаликда сув ресурсларини бошқариш, сувларнинг зарарли таъсирини олдини олиш ва тугатиш бўйича чора-тадбирлар комплексини ишлаб чиқиш ва амалга оширишда иштирок этади;
Ирригация ва дренаж миллий қўмитасининг самарали фаолиятини таъминлайди;
давлат сиёсатининг сув хўжалиги соҳасидаги асосий йўналишлари, уларни амалга оширишнинг стратегия ва механизмлари бўйича Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамасига таклифлар киритади;