Institut oʼz faoliyatini 1985 yilda SSSR Sogʼliqni saqlash vazirligining Immunologiya institutining Toshkent filiali sifatida KPSS Markaziy Qoʼmitasi, SSSR Vazirlar Kengashi va SSSRning 3-shtab qarori asosida boshladi. Mudofaa vazirligi 06.21.1984 yildagi 670-151-son, akademiklar RV Petrov, R.M. Xaitov va U.А. Аripov tashabbusi bilan. 1994 yilda Oʼzbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 11 martdagi 134-sonli qarori bilan u Oʼzbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasining mustaqil immunologiya instituti sifatida tan olindi.